Stoffet kan give kontaktallergi.

Santalol findes i to isomere former (alpha og beta) der begge er kendte allergener. Dette blev slået fast i en rapport fra den Videnskabelige Komité (SCCP) i juni 2012. RApporten bygger på data om allergi hos mennesker.

Da det er et parfumestof og allergifremkaldende er det ikke tilladt i produkter deklareret i samarbejde med Astma-Allergi Danmark.